A pesar de la extraordinaria aclimatación y fortaleza física, cuando las enfermedades se manifestaban la comunidad acudía a dos formas de medicina: la natural y la mágica.
El conocimiento de la medicina natural no era privativo de los chamanes, y se basaba en los recursos disponibles del entorno. El estreñimiento, por ejemplo, se curaba con el gauycurú, planta utilizada como purgante. También usaban el Té de Pampa (Satureja darwini), antiinflamatorio, antiespasmódico y antibacteriano, además de una hierba que crece en el estuario del Río Gallegos utilizada para los dolores reumáticos.
Se cree que, al igual que los Selk'nam, los Aonikenk conocieron los atributos del romerillo para agudizar la visión y la corteza de la zarzaparrilla (Ribes magellanica) para sanar los dolores de estómago.
Si la medicina natural no daba los resultados esperados, intervenían los chamanes para aplicar la medicina mágica. Para la sanación, estos utilizaban amuletos, piedras y sonajeros, objetos cuya función era espantar a los espíritus malignos con su incesante sonido.